Geologia
Skały jakie budują okolice kopalni to głównie serpentynit, a także gabro, chalcedon i sjenit. Występuje tu także skała niezwietrzała o barwie ciemnozielonej lub oliwkowozielonej, która swe zabarwienie zawdzięcza domieszce oliwinu. Serpentynit to skała metamorficzna (przeobrażona), która powstała pod wpływem wysokiej temperatury z dwóch rodzajów skał: dunitów (głębinowa skała magmowa) oraz perydotytów (zasadowa skała głębinowa z dużym udziałem krzemionki. Najważniejsze tutaj były jednak niespotykane w takiej obfitości złoża rudy niklu.

- Chryzopraz
Przeświecający, soczyście zielony minerał, cenna odmiana chalcedonu. Powstaje w procesie wietrzenia stref niklonośnych w obrębie skał ultrazasadowych (w tym przypadku serpentynitu), którego barwa zależna jest od domieszek minerałów (talkopodobnych krzemianów niklu). Jego zielone zabarwienie (od którego pochodzi zresztą nazwa, oznaczająca po grecku „zielone złoto”) pochodzi od domieszki uwodnionego krzemianu niklu.
- żyły opalowe
Występują w obrębie serpentynitów. Powstały w wyniku procesów hydrotermalnych w niskich temperaturach. Opal jest w zasadzie tzw. mineraloidem, czyli substancją powstałą w sposób naturalny, która w normalnych (pokojowych) warunkach wykazuje stały stan skupienia, ale nie posiada – w odróżnieniu od minerałów – w pełni wykształconej struktury krystalicznej. Złoża opali ze Szklar, podobnie jak złoża w całej Polsce, należą do kamieni nieszlachetnych. W sztolni występują opale mleczne, mleczne z niebieskawym zabarwieniem oraz opale miodowe w żółtopomarańczowym kolorze, prazoopale o barwie zielone oraz bezbarwne hiality.
- Chalcedon
Minerał zbudowany z krzemionki (dwutlenek krzemu), tak jak popularny kwarc, ale w odróżnieniu od niego nie tworzący dużych kryształów. Mineralodzy mówią zatem, że chalcedon jest drobnokrystaliczną (skrytokrystaliczną), porowatą odmianą krzemionki.
- Pegmatyt
Pegmatyty tworzą ciała wewnątrz skał magmowych – zwykle granitoidów. Pegmatyt to skała magmowa, zazwyczaj o składzie granitu.
Pegmatyty mają zazwyczaj masywne i zbite struktury oraz bezładne tekstury. Są skałami jawnokrystalicznymi o bardzo dużych kryształach (od kilku centymetrów do kilkunastu metrów).
- Muskowit
Rodzaj skał magmowych charakteryzujących się szczególną mega- lub gigantokrystaliczną teksturą, wzbogaconych w pierwiastki niekompatybilne oraz minerały zawierające składniki lotne jak fluor, bor, fosfor i inne. Minerał bardzo pospolity, szeroko rozpowszechniony, z grupy mik (łyszczyków), którą można spotkać w postaci blaszek m.in. w skałach pegmatytowych. Jest srebrzystobiały, żółtobiały i częściowo przeźroczysty.
Łącznie z obszaru Szklar (nie tylko samej sztolni) opisano 81 minerałów, m.in. chryzoberyl, granat, kerolit, oliwin, sepiolit, serpentyn-smektyt, szuchardyt, turmalin oraz niewielkie ilości złota.